色譜柱污染后，可以用合適的溶劑沖洗，使柱效再生。C18柱常規的再生洗滌方法是：分別用甲醇、三氯甲烷、甲醇/水各60 mL依次通過色譜柱，再用100%甲醇60 mL平衡色譜柱后封存，柱效將恢復正常。
　　
　　必要時，根據柱污染性質(如有機污染、鹽類污染等)，采用0.05 mol/L H2SO4、0.5 mol/L H3PO4或0.1 mol/L EDTA鈉鹽沖洗，然后再用水沖洗，最后用100%甲醇平衡色譜柱后封存。對于嚴重污染的C18柱，可采用水、甲醇、氯仿、乙烷依次沖洗后，按順序倒過來再沖洗1次，每次所用溶劑60 mL，不接檢測器，最后用100%甲醇平衡色譜柱封存。