柱填料的選擇關系到色譜分離的可能性，而柱規格的選擇直接影響分析速度、分離能力、檢測能力及每次分析的溶劑消耗等。
　　
　　柱規格包括兩方面：柱內徑和柱長度。柱內徑，分析型一般為2～6 mm,制備型20 mm，大者可達80 mm；柱長度，分析型5～30 cm，制備型15～50 cm。
　　
　　一般來說，柱內徑不影響分離度與分析時間的關系。今天，柱技術已發展到不同柱內徑的柱子能夠具有相同的性能。不同內徑的柱子又各具特點，對相同的分析時間和分離度來說，內徑大的柱子比內徑小的柱子多消耗溶劑。另一方面，較小內徑的柱子對相同的檢測信號來說所需樣品量亦較少。
　　
　　因此，在樣品量有限時，可使用小內徑柱。柱長度增加雖可改善分離效果，但阻力也隨之增加，必須提高入口壓力。柱壓是同時影響增加分離度和減少分析時間的主要障礙。分離度、分析時間及柱壓三者相互制約，選擇好其中兩者，則第3個因素也就選好了。長柱可以給出高分離度，短柱可提供快速分離，我們可以根據樣品情況去選用合適的色譜柱。