反相色譜柱：使用新的C18柱時，先用甲醇或乙腈沖洗20-30個柱體積，然后用甲醇/乙腈：水（50:50）沖洗10個柱體積，然后再用流動相平衡10-30柱體積。

　　正相色譜柱：新柱用流動相平衡20-30個柱體積。

　　離子色譜柱（SAX,SCX）：新柱先用100%甲醇或乙腈沖洗20個柱體積，然后轉換到流動相平衡。

　　部分品牌的氨基柱和氰基柱是保存在正相流動相中，用于反相色譜時，先用異丙醇或乙醇沖洗色譜柱50-100個柱體積。

　　當用HILIC模式時，新柱用50倍柱體積50/50乙腈/水活化平衡，然后再用流動相平衡20個柱體積。